Stiffness detection and reduction in discrete stochastic simulation of biochemical systems
نویسندگان
چکیده
منابع مشابه
investigation of single-user and multi-user detection methods in mc-cdma systems and comparison of their performances
در این پایان نامه به بررسی روش های آشکارسازی در سیستم های mc-cdma می پردازیم. با توجه به ماهیت آشکارسازی در این سیستم ها، تکنیک های آشکارسازی را می توان به دو دسته ی اصلی تقسیم نمود: آشکارسازی سیگنال ارسالی یک کاربر مطلوب بدون در نظر گرفتن اطلاعاتی در مورد سایر کاربران تداخل کننده که از آن ها به عنوان آشکارساز های تک کاربره یاد می شود و همچنین آشکارسازی سیگنال ارسالی همه ی کاربران فعال موجود در...
Stochastic Simulation of Biochemical Systems via Discrete-time Conversion
A discrete-time conversion is applied to the continuous-time Markov process that describes the dynamics of biochemically reacting systems within the discrete-state stochastic modeling approach (chemical master equation approach). This yields a stochastically identical discrete-time Markov chain and an according formulation of the chemical master equation. Simulating the resulting chain is equiv...
متن کاملSpatial Stochastic Simulation of Biochemical Systems
Spatial Stochastic Simulation of Biochemical Systems
متن کاملStochastic Simulation of Biochemical Reaction Systems
This chapter presents the foundational theory of the stochastic chemical kinetics for modeling biochemical reaction networks, of which the discreteness in population of species and the randomness of reactions are treated as an intrinsic part. The dynamical behavior of the biochemical reactions, based on the fundamental premise of the stochastic chemical kinetics, is exactly described by the che...
متن کاملAcceleration of discrete stochastic biochemical simulation using GPGPU
For systems made up of a small number of molecules, such as a biochemical network in a single cell, a simulation requires a stochastic approach, instead of a deterministic approach. The stochastic simulation algorithm (SSA) simulates the stochastic behavior of a spatially homogeneous system. Since stochastic approaches produce different results each time they are used, multiple runs are require...
متن کاملذخیره در منابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ژورنال
عنوان ژورنال: The Journal of Chemical Physics
سال: 2011
ISSN: 0021-9606,1089-7690
DOI: 10.1063/1.3548838